боевую задачу указанным соединениям поставили усиление отрядов пограничных войск охраняющих государственную границу СССР с Ираном и Турцией. В подчинении ПВ КГБ СССР соединения находились в период с 4 января 1990 года по 28 августа 1991 года.[5].
При этом из состава 103-й дивизии были исключены 1179-й артиллерийский полк дивизии, 609-й отдельный батальон десантного обеспечения и 105-й отдельный зенитно-ракетный дивизион. 103-й дивизией в составе Пограничных войск КГБ СССР командовал генерал-майор Бочаров Евгений Михайлович.

Следует отметить что переподчинение дивизии в другое ведомство, вызвало неоднозначные оценки в руководстве ВС СССР:
— Надо сказать, что 103-я дивизия одна из самых заслуженных в воздушно-десантных войсках. У неё славная история, относящаяся к временам Великой Отечественной войны. Никогда и нигде дивизия не уронила своего достоинства и в послевоенное время. В ней стойко жили славные боевые традиции. Наверное, поэтому в декабре 1979 года дивизия в. числе первых вошла в Афганистан и в числе последних в феврале 1989 года его оставила. Офицеры и солдаты дивизии четко выполнили свой долг перед Родиной. На протяжении этих девяти лет дивизия почти непрерывно дралась. Сотни и тысячи её военнослужащих были награждены правительственными наградами, более десяти человек удостоены звания Героя Советского Союза, в том числе генералы: А. Е. Слюсарь, П. С. Грачев, подполковник А. П. Солуянов. Это была нормальная, крутая воздушно-десантная дивизия, которой палец в рот не клади. По завершении войны в Афганистане дивизия вернулась в родной Витебск, по сути дела, к разбитому корыту. Почти за десять лет много воды утекло. Был передан в другие части казарменный жилой фонд. Разграблены и серьёзно обветшали полигоны. Дивизию на родной стороне встретила картина, напоминающая, по меткому выражению генерала Д. С. Сухорукова, «старое деревенское кладбище с покосившимися крестами». Перед дивизией (только что вышедшей из боев) встала непробиваемая стена социальных проблем. Нашлись «умные головы», которые, используя нарастающее в обществе напряжение, предложили нестандартный ход — передать дивизию в Комитет государственной безопасности. Нет дивизии — нет проблем. И… передали, создав ситуацию, когда дивизия стала уже не «вэдэвэшной», но ещё и не «кэгэбэшной». То есть стала вообще никому не нужна. «Вы съели двух кроликов, я ни одного, но в среднем — по одному». Боевых офицеров превратили в клоунов. Фуражки зеленые, погоны зеленые, тельняшки голубые, символика на фуражках, погонах и груди — десантная. В народе такое дикое смешение форм метко окрестили «кондуктор».
— Военные мемуары. Россия и СССР. Лебедь Александр Иванович - За державу обидно
23 сентября 1991 года, на основании директивы Генерального штаба ВС СССР от 28 августа 1991 года № 314/3/042Ш дивизия возвращена в Воздушно-десантные войска ВС СССР.[6]